高新技术企业的认定核心为企业的研发管理，知识产权管理，科技成果转化管理等方面。主要考核指标均指向技术和管理两个方向，与营业额和企业规模并无太大关联。有些中小企业不能申报主要是由于在申报高企时材料撰写上会存在一些先天劣势：
1、知识产权部分得分比较低
中小企业资金紧张，且知识产权保护意识薄弱，申请的专利比较少，在知识产权方面投入较低，
2、研发组织管理水平得分偏低
中小企业人员比较少，成立时间短。管理制度不完善，管理和研发活动的组织开展等工作，没有形成正规的管理文件，更多的是口头约定和口头传递等方式。
3、财务不规范
中小企业财务制度不健全，甚至有部分企业没有专职会计，账目不规范，给研发费用和高新技术产品销售收入的归集增加了工作量。
4、人员数量少
中小企业人员数量偏少是普遍问题。一人多职的现象比较普遍。行政与人事共用1个人员。研发人员兼带着部分生产和生产管理调度工作。因此在企业内很难明确具体的研发人员名单。
但是，以上的情况，并不能完全否认企业从事高新技术研究的事实。相反，很多中小型企业有着大企业无法企及的优势。
1、技术优势：
很多中小型企业的创始人相对年轻，企业思想比较先进，产品定位比较高端，技术处于国内甚至国际先进水平。相反，很多从事的传统行业的大规模企业，其技术上已经十多年甚至数十年没有本质上的变革了。
2、管理优势
中小企业在管理上大多实行高校的扁平化管理，人员少，企业负担小，执行力却很强。而大规模企业的各个职位之间会出现模糊化的现象。工作重复安排或无法落实的现象也不少。
3、政策优势
中小型企业是中国转型升级的重点。致力于为中小型企业进行高新技术企业认定的辅导，是从企业管理，财务制度，科学地开展研发工作等多方面提升企业综合实力，是辅导机构真正意义所在。
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