在进行马德里国际注册时，除了基础注册费外，某些缔约方会要求收取单独规费。具体的收费标准见下表：
基础注册费：黑白商标图样的基础注册费为653瑞士法郎，彩色商标图样的基础注册费为903瑞士法郎。
在指定收取单独规费国家的收费标准里，需要解释和注意的是：
1.括号中的数字为集体商标和证明商标的收费标准。
2.单独收费的标准不是固定的，国际局将根据汇率的变化或者应单独收费国标准的变化及时通知各成员国(详情请登录
3.日本申请费用第一个类为99瑞士法郎，每增加一个类增加75瑞士法郎，注册成功后收取注册费用每个类328瑞士法郎。
加纳的申请费用为每个类129瑞士法郎，注册成功后收取注册费用为每个类86瑞士法郎。
4.表上没有列的国家均为3个类别以内100瑞士法郎。
5.后续业务的收费标准
后期指定的基础注册费为每个国际注册号300瑞士法郎，转让规费为每个国际注册号177瑞士法郎，变更规费为每件变更申请150瑞士法郎，删减规费为每个国际注册号177瑞士法郎，续展基础注册费为653瑞士法郎，宽展费为326.5瑞士法郎。
另外，放弃申请、注销申请、代理人名称或地址变更申请、指定代理人申请均免费办理。
6.希腊单独规费收取的说明
关于马德里新申请和后期指定，希腊知识产权局对超过第10个类别后不再要求收取额外的费用。此原则适用于集体商标。
关于马德里续展，希腊知识产权局对超过第10个类别后不再要求收取额外的费用。此原则适用于集体商标。
7. 哥伦比亚
进入宽展期的商标，哥伦比亚的续展费每类加收272瑞士法郎。
8. 非洲知识产权组织
进入宽展期的商标，续展费加收238瑞士法郎。
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