但该文件也明确表示，这些限制不会影响牛津纳米孔对csgg的使用。csgg是相关诉讼开始后不就，牛津纳米孔发布的另一种新孔，基于全新的序列，其研发工作是否依靠illumina公司的专利技术依然是谜。
纳米孔测序比传统测序更便携和实惠，主要根据单核苷酸通过孔隙产生的电流变化检测dna序列。2014年，牛津纳米孔推出了第一款商业化的纳米孔测序仪——minion。而今年年初，illumina公司在一份声明中称牛津纳米孔的minion和promethion设备侵犯了自己的专利。
illumina公司起诉牛津纳米孔使用细菌驱动孔隙——耻垢分枝杆菌孔蛋白a（mspa）侵犯了其msp纳米孔和相关方法专利，称其产品与mspa至少有68%的相似点。
据悉，2010年，美国华盛顿大学的jensgundlach首次证明mspa可用于dna测序，并与阿拉巴马大学微生物学家michaelniederweis合作证明mspa孔隙结合“棘轮系统”便可读取短dna序列。2013年，illumina公司从阿拉巴马大学和华盛顿大学获得纳米孔测序技术授权。
这场专利之争引起了使用牛津纳米孔产品研究人员的密切关注。他们担心失去纳米产品或专利战会扼杀新平台发展。而且，由于相关技术的细节仍然保密，有可能导致专利诉讼陷入胶着。
不过，杜克大学专利法专家artirai表示，“本应该将一些公正带入该体系，因为有时单靠语句，人们很难明确地知道你发明了什么。这是一个模糊的领域。”她还指出，最有可能的是，两个公司最终达成一致。
如果牛津纳米孔选择继续打官司，那它必须向法官和陪审团展示其设备背后的秘密。最后，该公司选择宣布了升级设备——r9。r9实际上是csgg，来源于大肠杆菌的蛋白膜，在核苷酸通过孔隙时，这种蛋白比版本r7有更好的识别力。
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