1、申请官方费用不同，公司名义：800.00，个人名义：1000.00.（一般代理机构会收取代理费800.00）
2、申请资料不同，公司提供营业执照、商标图样（最好电子版）、盖公章的申请书和委托书（商标代理机构可提供样本，直接去商标局办理的不需要委托书）；个人名义的需提供身份证、个体工商营业执照或相关主管机构出具的证明你在从事项目的政府文件、商标图样、盖公章的申请书和委托书（商标代理机构可提供样本，直接去商标局办理的不需要委托书）。
3、申报方式不同,公司名义是通过网上申报，个人名义是通过邮寄。（指商标代理机构）。
4、申报范围不同，以公司名义申报商标所指定的商品或服务不受经营范围限制，而以个人名义的只能在个体工商户执照经营范围内或从事项目上指定申报。
5、如地方政策有差异，在申报各项商标荣誉时会有不同。 至于第二个问题我不明白你指的个体注册，是以个人名义呢，还是以个体工商户名义，不过都不影响对后面问题的解答。
如果你的商标不是著名商标或驰名商标（地域保护范围不同），别人是可以用你的商标作为公司名称的，至于有没有影响要看经营范围有没有冲突，地域有没有冲突。
如是同一服务或商品，他以公司全称出现的，是没办法告其侵权的，如在宣传中或产品上出现简称或就作为商标使用，那我们可以告其侵权，以维护我们自身的权利。当然你只要在大陆范围内，在你注册指定的商品或服务内可以大胆自由的使用。