当前，股权转让协议纠纷在公司诉讼中占有很高的比例。股权转让协议纠纷的审理，原则上可以适用合同法的相关规定。但由于股权转让协议的标的——股权不同于以有体物为标的物的一般商事合同，在签订股权转让协议时，如仍按照签订一般商事合同的思维，可能会埋下纠纷的隐患。有限责任公司作为企业法人，人合性与资合性相结合的特点，也会对股权转让的规则产生一定的影响。当事人在签订股权转让协议时，需处处留意。
前期准备很重要——公司章程看了吗？
《公司法》规定，公司章程可以对有限责任公司股权的转让规则作出特别约定，以排除《公司法》设置的转让规则。因此，在签订股权转让协议前，切不可想当然，首先应先查看目标公司的章程，评估股权转让的可行性。实务中，经常出现股权转让协议转让方与受让方具有一定的信任基础或感情关系，对于股权转让事宜未经充分协商或在仅有大的框架时就草草签订股权转让协议，双方对于相关法律规则并不熟悉，在日后履行时遇到法律障碍引起纠纷。商场无父子，何况是淡薄的信任关系，感情多是让位于利益，父子成仇、兄弟反目、劳燕纷飞的情形并不鲜见。兵马未动粮草先行，为稳妥起见，在签订股权转让协议时，切勿被一时的利益蒙蔽了双眼，首先要作好目标公司相关情况的调查，必要时聘请专业的调查机构或律师事务所、会计师事务所对目标公司的经营管理、财务情况等作尽职调查，评估收购的可能性与可行性。
股权转让协议签订主体需明确——应该与谁签约？
在有的规模小、人数少的有限责任公司中，公司治理结构不完善，公司作为独立法人的特征不明显，股东个人名义与公司名义经常混在一起。作为交易的相对一方，对于与谁签订股权转让协议需要十分清楚。股权转让的一方，必须具有公司股东资格。是股东将其持有的公司的股权转让给受让方，而不是公司转让。
股权转让与公司资产转让是需要明确区分的两个不同概念。公司作为独立法人，享有法人财产权，经过内部决议程序后可对公司财产进行转让；股权是股东对公司的权利，应由股东对转让事宜作出明确的意思表示。
意思表示要真实——交易背景可清楚？
股权转让协议受让人受让股权，目的可能是为了取得目标公司的控制权，但最终都是想要通过行使股权获得经济上的利益。为了保证不亏，在受让股权时要对其价值有一个准确的判断。股权的价值与公司的负债（银行债务、商业债务等）、对外担保、行政罚款以及涉诉情况等多种因素相关。
基于此，在股权转让实践操作中，受让方多要求股权转让协议转让方在股权转让协议当中对其所提供的有关目标公司的信息真实性以及公司资产的真实状况等作出相对具体详尽的陈述与保证。在股权转让协议中，股权转让方的“陈述与保证”条款在其中占有很大的篇幅。这样做的目的在于防范风险，完善违约救济措施。因此，当股权转让协议转让方故意隐瞒目标公司的相关信息给受让方造成损失时，受让方有权依据《合同法》的违约责任有关规定要求转让方承担相应的赔偿责任。在有的股权转让协议中有“鉴于条款”，在其中可以表明双方签订股权转让协议的目的，反映缔约背景，以及体现股权转让协议之间的相互承接关系等。在诉讼中，认定合同目的是否不能实现、合同是否已被变更、违约行为的确定等，鉴于条款具有重要作用。
股权转让协议内容能履行——权利义务是否具体化？
股权转让协议不仅要在文字上明确、内容上完整，而且要切实保证能够履行。有义务才有责任，有责任才有履行的动力。在股权转让协议中应将权利义务细化，并落实到某一方身上，不能在履行主体上发生争议，导致权责不分。
特殊股权要注意——股权可否转让？
国有股权、外商投资企业的股权等，在转让时有特别的规定，需要注意，避免因违反相关强制性规定而导致股权转让协议无效。